┄┈┄ ┄┈┄ (101) 썸네일형 리스트형 CrossEntropyLoss Label Smoothing code 01. 클래스 별 weight 계산 # 클래스별 샘플 수 count_class_0 = 10000 #y_train에있는 0과1의 갯수 count_class_1 = 400 # 전체 샘플 수 total_count = count_class_0 + count_class_1 # 클래스별 가중치 계산 weight_class_0 = total_count / (2 * count_class_0) weight_class_1 = total_count / (2 * count_class_1) # 가중치 텐서 생성 weights = torch.tensor([weight_class_0, weight_class_1]) weights = weights.to(device) 02. Label Smoothing Loss function 정의.. CalibratedClassifierCV python code 01. Import library & make dataset import pandas as pd import numpy as np import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier from sklearn.calibration import CalibratedClassifierCV, calibration_curve from sklearn.metrics import roc_auc_score from sklearn.model_selection import train_test_split from tqdm import tqdm_notebook as tqdm import os i.. [유전체 분석] 3. Proteomics / Protein analysis 01. 왜 단백질을 연구해야하나? - 단백질의 변화는 DNA, RNA만 가지고는 예측/설명하기 힘듦 - (ex. 애벌레 -> 나비) DNA는 동일한데, 전혀 다른 phenotype(표현형)으로 나타나지는 경우 발생 - 따라서 단백질을 분석하면서, 이러한 현상들에 있어 어떤 일들이 일어난 건지 직접적으로 알 수 있음 02. Proteomics - 단백질을 연구하는 것 - 전체 단백질에 대해, 어떤 단백질이 있는지, 양적으로 어떻게 변화하는지, 단백질의 구조가 어떻게 되는지, 단백질이 기능적으로 어떻게 변화하는지를 개체/소기관 레벨에서 연구하는 것 - 시간 / 공간 / 생리학적 변화에 따라서 단백질의 특징들이 어떻게 변화하는지 연구하는 것 03. Protein연구가 힘든 이유 1) Protein dynami.. [유전체 분석] 2. RNA-sequencing 01. RNA-sequencing - NGS기술로 샘플에서 발현되는 RNA 서열을 시퀀싱 - RNA-seq를 통해 어떤 유전자가 활성화되어 있고, 많이 전사되는지 알 수 있음 02. Mutation(돌연변이) 1) Passenger mutation - mutation의 대부분은 passenger mutation - mutation이 있어도 positive selection이 안 됨 - 세포가 증식하는데 아무 도움이 안됨 2) Driver mutation - 일부만 driver mutation - 실제 암세포를 증식시키는 역할 - 암의 phenotype(표현형, 기능적 형질)을 결정짓는 mutation - 이 driver mutation이 신체의 어느 부위에 생겼냐에 따라서 암의 이름이 달라지는 것 *mu.. [유전체 분석] 1. Next Generation Sequencing (NGS) 01. 생물정보학 주요 분야 1) 유전체학(Genomics) - 개체의 전체 유전 정보 연구 - DNA염기 서열 및 유전자 발현을 분석하여 유전자의 기능과 조절 연구 2) 단백체학(Proteomics) - 전체 단백질의 조성 / 기능 / 단백질 간의 상호작용, 단백질의 조절 연구 3) 시스템생물학(Systems biology) - 생물학적 시스템을 전체적으로 이해 - 여러 생물학적 구성 요소간의 상호작용 및 네트워크 연구 4) 구조생물학(Structural biology) - 단백질간의 구조 (ex. 어떤 부분 / 구조에서 상호작용되는지 보는 것) 5) 진화생물학(Evolutionary biology) - 생물 다양성과 진화 과정을 연구하여 생물의 종류와 형태의 변화를 이해하고 설명 02. Next Ge.. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 21 다음
