[유전체 분석] 3. Proteomics / Protein analysis

01. 왜 단백질을 연구해야하나?

- 단백질의 변화는 DNA, RNA만 가지고는 예측/설명하기 힘듦

- (ex. 애벌레 -> 나비) DNA는 동일한데, 전혀 다른 phenotype(표현형)으로 나타나지는 경우 발생

- 따라서 단백질을 분석하면서, 이러한 현상들에 있어 어떤 일들이 일어난 건지 직접적으로 알 수 있음

 

 

 

02. Proteomics

- 단백질을 연구하는 것

- 전체 단백질에 대해, 어떤 단백질이 있는지, 양적으로 어떻게 변화하는지, 단백질의 구조가 어떻게 되는지, 단백질이 기능적으로 어떻게 변화하는지를 개체/소기관 레벨에서 연구하는 것

- 시간 / 공간 / 생리학적 변화에 따라서 단백질의 특징들이 어떻게 변화하는지 연구하는 것

 

 

 

03. Protein연구가 힘든 이유

 

1) Protein dynamic range

- 한 샘플에 있는 단백질의 양적인 차이의 스케일이 너무 큼

 

 

 

2) Proteome complexity

- DNA/RNA에 비해 복잡함.

 

 

 

04. Post-translational modification(PTM)

 

 

- 단백질의 기능을 하는 데 있어서 중요한 요소

- 단백질이 만들어지고난 다음, 단백질의 function을 fine-tuning 하기 위해( 기능을 조절하는 역할) PTM이 붙는 것

 

 

 

05. Phosphorylation

 

- 시그널이 어떻게 변하고 있는지 파악하는데 중요한 정보

- Kinase(+P)/카이네이즈/ : Phosphorylation을 붙이는 역할 

- Phosphatase(-P) : Phosphorylation을 떼는 역할

- drugs target

 

 

 

06. Proteomics workflow

1) Extract :  피 / 조직의 단백질등의 샘플에서 단백질을 뽑아옴

2) Digestion : 단백질을 잘게 쪼갬.(단백질을 쪼개서 펩타이드로 만드는과정)

3) Separation 

4) Mass spec(질량 분석기) : 펩타이드들의 질량을 분석